Re-Main racconta la storia della stella della pallanuoto Minato Kiyomizu che, dopo aver vinto un titolo nazionale al terzo anno della scuola media, subisce un incidente d’auto che lo manda in coma. 

Riprende conoscenza dopo circa sei mesi (203 giorni), ma non ricorda nulla dei suoi ultimi tre anni trascorsi alle medie, compreso di essere un campione della pallanuoto.

Inizia il liceo e si lascia alle spalle lo sport, ma una promessa lo fa ritornare sui suoi passi.

Nonostante la sua nuova squadra di pallanuoto sia debole, Minato dovrà impegnarsi al massimo per riprendersi ciò che ha perso.